Деревня основана в 1855 г. государственными крестьянами, которым было разрешено переселяться на вольные сибирские земли с целью их освоения. С севера она защищена горным хребтом, преграждающим путь холодным северным ветрам, а в юго-восточном направлении на десятки километров простирается пойма р. Амыл.
В метрической книге за 11 сентября 1855 года произведена запись, что у Гаврила Васильева Шероглазова и его жены родился сын Иоанн. В исповедальных росписях 1856 года в деревне Уджей значится 14 дворов.
Интересно предание о происхождении названия деревни, сохранившееся в памяти старожилов. В местной речке, впадающей в Амыл, водилось очень много ужей, вылезающих на пригорок погреться на солнце. От них, якобы, и пошло название поселения, но со временем оно трансформировалось в более благозвучное.
Первые поселенцы для строительства жилых домов и надворных построек лес рубили на месте. Плодородные земли давали богатые урожаи, в реке водилось много рыбы, дичи в лесу хватало, населения Уджея постепенно увеличивалось. Жители сеяли пшеницу, просо, лен, коноплю, горох, гречиху. Со временем перегородили Уджейку плотиной, поставили мельницу. Развивается кустарное производство: кожевенное, кузнечное, бондарное, гончарное. Славился Уджей лошадьми, за которыми приезжали даже из соседних волостей.
В 1859 г. в казенной деревне Уджей числилось 28 дворов, где проживало 193 чел. (93 – мужского пола, 100 – женского).
История этой деревни мало чем отличалась бы от других поселений, если бы в свое время это место не приглянулось приезжему человеку, построившему винокуренный завод на берегу Амыла, образующего в этом месте своим изгибом полуосторов.
Существует несколько версий о создании завода. По одним источникам он был открыт в 1852 г., по другим в 1879 г. (см. сборник докладов и сообщений «Минусинские краеведческие чтения (2003-2004 гг.)», выпуск III, г. Минусинск, 2005 г., статья И.Ничкова «Об Уджейском винокуренном заводе», с. 98). Хозяин предприятия некто Владимиров очень выгодно вложил свои деньги. За бесценок он скупал излишки зерна у крестьян, которым несподручно было везти его на базар. За пуд зерна хозяин платил 16 копеек, а из него выгоняли ведро спирта. В производстве было занято 12 человек. Зимой извозом занимались местные крестьяне, а летом хозяин нанимал плотогонов, которые сплавляли спирт на плотах до самого Минусинска.
В 1880-е гг. хозяином завода стал золотопромышленник М.Колобов, проживавший в с. Каратузское. На протяжении четырех лет он занимался реконструкцией предприятия. На месте построек барачного типа, вмещавших ранее все примитивное заводское оборудование, возникло большое, построенное из камня производственное здание, появились складские помещения и другие промышленные постройки. Тут же на территории построили несколько жилых домов для служащих и рабочих. Производство значительно расширяется, устанавливается более совершенное оборудование. Число рабочих при новом хозяине достигает более 100 человек. Ежедневно перерабатывалось до 500 пудов ржи, из которых производили около 60 тыс. ведер водки. На Минусинский спиртоводочный разливной завод ее продавали по 12 рублей за ведро. Ежедневно доход завода составлял до 6 тыс. рублей.
Однако заработная плата рабочих была крайне низкой. Работали здесь бедняки и батраки из Уджея и окружающих деревень, но основную часть рабочих составляли крестьяне-посельщики и административные ссыльные из центральных губерний России. Тяжелые условия труда и голод приводили к частым заболеваниям, свирепствовала малярия. Это беспокоило хозяина завода и на свои средства в 1890 г. он открыл в с. Каратузское фельдшерский пункт, где рабочим оказывалась медицинская помощь.
После смерти М.Колобова (1903 г.) хозяйкой завода стала его жена Клавдия Степановна, которая владела предприятием до 1917 г.
Советская власть в Уджее установилась раньше, чем в других населенных пунктах волости. Этому способствовало наличие рабочего коллектива, среди которого было немало политссыльных. При заводе еще до революции 1917 г. была создана подпольная организация РСДРП, руководил которой ссыльный политзаключенный из города Лодзи Григорий Цапусов. Когда весть о победе вооруженного восстания в Петрограде долетела и до Уджея, прошли выборы в первый Уджейский Совет рабочих депутатов, председателем которого был избран Г.П.Цапусов.
Началом деятельности Совета стало установление рабочего контроля и 8-ми часового рабочего дня. Был подписан акт о безвозмездной передаче завода Совету, как предприятия, не имеющего хозяина (Колобова к этому времени уехала из Каратузского).
В июне 1918 г. Советская власть в Сагайской волости пала. Завод снова стал частной собственностью возвратившейся Колобовой. Но вскоре она уехала в Красноярск, где и скончалась. После ее смерти младший сын Колобовых, живший в Париже, дает доверенность на продажу завода за 47 тыс. рублей золотом колчаковским властям. Покупателем стал минусинский промышленник Метелкин, в пай к которому вошли девять купцов из Каратузского.
В ноябре 1918 г. уджейцы приняли участие в восстании крестьян Минусинского уезда, сформировав отряд численностью более 70 человек. После поражения повстанцев в Уджей нагрянули каратели, многие местные жители деревни колчаковцами были расстреляны.
Окончание Гражданской войны совпало с созданием в Уджее партийной ячейки из 24 человек. В 1925 г. создается сельхозкоммуна «Красный пахарь», которая вскоре распалась. Неудачными оказались еще несколько попыток организовать в деревне коллективные хозяйства. С образованием Каратузского района (1924 г.) создается Уджейский сельсовет, куда кроме деревни вошли два выселка и заимка. Всего насчитывалось 245 хозяйств с общим населением 1129 чел. Из них в деревне Уджей – 200 хозяйств и 928 чел. (мужчин – 451, женщин – 477). В 1921 г. вблизи Уджея возникает выселок Казань, который основывают переселенцы – татары, вынужденные бежать из голодных районов России в глухую Сибирь. Была открыта школа 1-й ступени. Завод к этому времени не работал, его оборудование было вывезено в с. Знаменку.
В 1930 г. в Омском шестом отдельном караульном батальоне была создана из желающих демобилизоваться досрочно бойцов коммуна «Красный боец». Из двух предложенных для проживания мест коммунары выбрали д. Уджей, решив использовать территорию и производственные помещения бывшего завода. Первым председателем стал Павел Малыгин, которого вскоре сменил Михаил Григорьев. Имущество коммуне досталось хорошее: крепкие постройки, амбары, скотные дворы. Имелась кузница, столярка, организовали столовую. На правлении было решено восстановить завод, для чего привлекли местных жителей – братьев Курчатовых, работавших здесь когда-то механиками и знавших машины и механизмы. На вновь открытом заводе организовали производство крахмала и патоки. Вскоре была отремонтирована плотина на р. Уджейке, восстановлена мельница.
В 1932 г. коммуна ликвидируется и завод снова останавливается. Но вскоре его взял в свою собственность райкоммунхоз и открыл здесь Каратузский райпищекомбинат. Бывший винокуренный завод начал производить пиво. На выселках Исаевка и Казань организуются колхозы. К тому времени в самом Уджее было три колхоза. В 1935 г. они объединились в один – «Красный боец», который возглавил Влас Алексеевич Алиферов. Поля Уджейского колхоза обслуживала Каратузская МТС.
В годы Великой Отечественной войны ушедших на фронт мужчин заменили женщины и подростки. Продолжались занятия в школе, не прекратил своей деятельности в то тяжелое время и завод, выпускавший продукты питания для фронта.
В 1950 г. колхоз «Коминтерн» выселка Исаевки, колхоз «Ленинский путь» татарского аула «Красная Казань» и Уджейский колхоз «Красный боец» объединились в одно хозяйство под названием «За коммунизм».
На Краратузском райпищекомбинате начали действовать сушильный, кондитерский, маслобойный, засолочный, маринадный, колбасный, кисельный, крахмальный цеха, цех по производству газированной воды. В небольшом количестве варили пиво. Коллектив рабочих состоял из 120 человек.
В 1961 г. прошла замена технологического оборудования для выработки пива, и через семь лет завод полностью перешел на его выпуск, а все остальные производства были приостановлены. К 1977 г. объем производства пива вырос до 260 тыс. гекалитров.
С открытием Абаканского пивзавода, где было лучшее оборудование и производился розлив в бутылки, спрос на уджейское пиво упал. В 1981 г. завод закрыли, оборудование вывезли в пос. Курагино.
Между тем Уджей расширялся, расстраивался. Наиболее удачными для колхоза «За коммунизм» были 1966-69 гг. Рост материального благополучия колхозников вылился в строительство новых домов, приобретение новой техники, предметов быта.
В 1964 г. Уджейская школа стала восьмилетней, в 1965 г. построено новое здание для школы. В 1976 г. – введен в действие водопровод.
С 1977 по 1990 гг. интенсивно строится жилье, появляются новые улицы: Молодежная, Садовая.
В 1989 г. построен Дом культуры, ставший украшением села, строится детский сад на 90 мест. В 1990 г. проведена автоматическая телефонная связь, асфальтируются дороги.
В 1992 г. прошла реорганизация колхоза «За коммунизм», вместо которого существуют до настоящего времени сельскохозяйственная артель (СХА) «Рассвет». Основная специализация – растениеводство.
В 1995 г. восьмилетняя школа получает статус средней общеобразовательной школы.
На 01.01.2007 г. территория Уджейского муниципального образования составляла 11 107 га, центр – с. Уджей, население 431 чел., проживает 11 национальностей, 173 хозяйства. Зарегистрированы 2 крестьянских хозяйства: А.И.Шаравдинова, Г.Д.Филиппова, 3 магазина частных предпринимателей, 1 магазин ООО «Каратузский Райсоюз».
Сельский Центр культуры включает клуб и библиотеку, в нем также находится фельдшерско-акушерский пункт. Действуют средняя общеобразовательная школа, ветеринарный участок, основная производственная организация СХА «Рассвет».